SOLUÇÃO: Ok, eu fui à casa de um amigo e ele me mostrou como eu era burro.
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Como eu disse, sou novo no Ubuntu e estou acostumado com a interface do Windows, então eu sempre esqueço que, na interface do Ubuntu, os menus estão localizados na área superior esquerda da tela e não na janela do programa. Então eu fui capaz de entrar no menu de configurações e mapear meu controlador
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No Higan, o mapeamento é traduzido para algo como '1 / Button / 9'. O primeiro número é algum tipo de ID do controlador e o seguinte mapeia os botões. Meu ID de controlador é 64db7df00e8f0003. Minha segunda pergunta era se alguém soubesse como obter esse número. Usando o 'evtest', ele diz: 'ID do dispositivo de entrada: 0x310 0x310' 0x310 '0x310', então eu vejo de onde algumas partes do ID vêm. Depois de alguma pesquisa eu encontrei esta pergunta: Como identificar o controlador de jogo para SDL2 no Ubuntu? Eu não consegui compilar o código (como eu disse, ainda sou novo no linux) mas acho que o ID deve ser esse GUID ou algo parecido.