Depende.
Se você baixou o arquivo ISO do link de download oficial do Ubuntu, e o MD5 corresponde ao do site, ele está livre de malware.
Se você baixou o arquivo ISO de alguns outros sites e não se encaixa com o MD5 oficial, há algo errado. Verifique novamente se você verificou com o MD5 correto ou a carga refeita dos links espelhos oficiais.
Se você baixou o arquivo ISO de alguns sites não oficiais e o Md5 corresponde ao MD5 fornecido pelo site não oficial BUT não corresponde ao MD oficial; ele pode ser modificado ou infectado, ou corrompido.
Espero que tenha ajudado.