Não tenho certeza, mas a melhor maneira de fazer isso normalmente é instalar o segundo sistema operacional como uma VM guest.
Você pode tentar excluir completamente as partições em que o Linux se encontra dentro do Windows e, em seguida, usar o disco de instalação do Windows para corrigir o carregador de inicialização do Windows para que o Windows inicialize automaticamente.
Eu acho que tive que fazer assim no passado. Espero que ajude ..