Parece que o que você realmente precisa é instalar o python-ase .
Este pacote está disponível para o Ubuntu desde 12.10 (não 12.04), mas as versões disponíveis nos arquivos do Ubuntu são um pouco antigas.
Portanto, se você precisar instalar a versão upstream, abra um terminal com Ctrl + Alt + t e digite os seguintes comandos:
sudo apt-get install python-numpy python-gtk2 python-central
cd $HOME/Downloads/
wget https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/python-ase-3.9.0.3584.tar.gz
tar -zxvf python-ase-3.9.0.3584.tar.gz
cd python-ase-3.9.0.3584/
sudo ./setup.py install
Agora você pode executar um interpretador python para verificar se o ASE está instalado corretamente:
sylvain@sylvain-ThinkPad-T430s:~/Downloads/python-ase-3.9.0.3584$ python
Python 2.7.5+ (default, Feb 27 2014, 19:37:08)
[GCC 4.8.1] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from ase import Atoms
>>>