Abra o arquivo /etc/pulse/default.pa digitando o seguinte em um terminal:
gksudo gedit /etc/pulse/default.pa
Altere a linha que diz
load-module module-udev-detect
em
load-module module-udev-detect ignore_dB=1
Salve e feche o arquivo.
Reinicie o pulseaudio digitando o seguinte em um terminal:
pulseaudio -k
Agora abra o alsamixer:
alsamixer
Em seguida, diminua o volume do PCM para um nível decente (configurei o meu para cerca de 50%). Depois de fazer isso, alterar o volume usando as teclas de volume ou o controle deslizante de volume não redefinirá as configurações do PCM no alsamixer e permitirá que você mantenha o limite mínimo do volume tão baixo quanto desejar. Isso também manterá os intervalos de volume menores. O único efeito negativo é que você não obterá tanto som de seus alto-falantes sem fones de ouvido, a menos que você altere novamente as configurações de PCM em alsamixer novamente.
Não posso garantir que isso funcionará no seu sistema, mas funcionou bem no meu.