Este tópico descreve um problema semelhante ao seu, mas sem mencionar o que eles vêem na seção "gerenciamento de disco" do Windows.
Note que acredito que suas partições são mostradas como 100% livres porque o Windows não pode ler o sistema de arquivos ext # que o Linux emprega. Portanto, faria sentido que eles sejam exibidos como 100% livres ou 100% usados. Contanto que suas partições existam , eu não ficaria muito preocupado com o que o utilitário Gerenciamento de Discos do Windows informa.