xmodmap não tem noção de estado, por isso não tem como redefinir o estado diretamente. Você pode simulá-lo usando xmodmap -pke >.xmodmap.orig antes de fazer qualquer alteração (embora ele não salve o mapa modificador, que você teria que salvar e restaurar manualmente) - mas é um pouco tarde demais para isso.
Os sistemas modernos geralmente não usam xmodmap para configurar o teclado. setxkbmap é a maneira moderna de fazer isso; e que faz redefinir as ligações quando executado. Portanto, você pode usar setxkbmap -layout us para redefinir as coisas ao normal. Mais completo seria verificar a configuração padrão em /etc/X11/xorg.conf . Por exemplo, no meu sistema
jinx:718 Z$ sed -n '/Identifier.*Keyboard/,/EndSection/p' /etc/X11/xorg.conf
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle"
EndSection
O comando correspondente é
setxkbmap -model pc105 -layout us -option grp:alt_shift_toggle
Se houvesse uma entrada XkbVariant na saída, você passaria seu valor com -variant . Uma coisa a observar é que as opções são tratadas especialmente: você só pode definir uma opção por -option e precisa usar -option '' para redefinir os parâmetros primeiro. Então, para redefinir completamente quando houver algo como XkbOptions "grp:alt_shift_toggle,grp:ctrls_toggle" você precisaria
setxkbmap -model pc105 -layout us -option '' -option grp:alt_shift_toggle -option grp:ctrls_toggle