A única maneira de garantir que um sistema operacional não danifique outro sistema operacional em uma configuração de inicialização dupla é colocar os sistemas operacionais em unidades fisicamente separadas e desconectá-las / reconectá-las para evitar que elas coexistam. Espero que o risco de danos causados por uma descarga eletrostática ou trauma físico nessa configuração supere em muito o risco de danos ao software.
Você pode alcançar um nível intermediário de segurança instalando um sistema operacional em uma máquina virtual (VirtualBox, QEMU, VMWare, etc.) em outro. É provável que o sistema operacional convidado não consiga causar sérios danos ao sistema operacional host, a menos que você conceda acesso de disco de baixo nível. Você poderia destruir todo o sistema operacional guest apenas excluindo um arquivo.
Sua descrição do seu problema original é muito vaga para oferecer uma opinião sobre o que aconteceu. Como regra geral, porém, as distribuições Linux, incluindo o Ubuntu, são bastante boas em coexistir com outro sistema operacional. Acidentes podem acontecer, é claro, mas geralmente são resultado de um erro do usuário, e não do sistema operacional que está ficando frenético.
Observe que uma instalação baseada em EFI usa regras diferentes para localização e uso do carregador de inicialização do que uma instalação baseada em BIOS. Atualmente, há muitos problemas relacionados à EFI no Linux, devido a bugs de firmware e à imaturidade do suporte à distribuição Linux para EFI. É mais provável que esses problemas resultem em problemas de inicialização do que em dados descartados.