O pacote comum não contém nenhum software, apenas dependências. Seu único problema é que, removendo o pacote comum (que você aparentemente tem que fazer, se você quiser se livrar da Amazon) o gerenciador de pacotes não vê mais necessidade de manter todos os outros aplicativos. Porque considerava-os apenas uma desagradável dependência de comum em primeiro lugar.
Você pode marcar com segurança o pacote commons para remoção e marcar todos os pacotes que deseja manter para a instalação. Dependendo do gerenciador de pacotes que você usa, você pode fazer isso em uma única etapa, antes de executar a alteração, para que o sistema de empacotamento não remova, faça o download novamente e reinstale nenhum software. Apenas manterá tudo o que você marcou ... mantendo.