Se você não precisar mais de nenhum dos dados no disco rígido da área de trabalho (ou seja, os arquivos de quando usou o Vista), você poderá instalar o Ubuntu na área de trabalho a partir de um Live CD. Quando você tiver as opções de formatação e particionamento, escolha a opção que usará a unidade inteira, com as opções de partição padrão. Isso instalará o Ubuntu no disco rígido da área de trabalho e você não terá que se preocupar com nenhum vírus que estava naquele disco rígido antes, já que é uma instalação nova.
Então você pode usar o Ubuntu para acessar arquivos na unidade externa. Se também houver vírus na unidade externa, você precisará ter cuidado com os arquivos copiados (especialmente se estiver planejando copiá-los de volta para outro computador com Windows).