Suponho que você não tenha sobrescrito sua instalação do Windows para instalar o Ubuntu. Se for esse o caso, tenho más notícias para você. Fora isso, quais arquivos você quer é irrelevante. Confira o Este link que usa o gparted para acessar as partições do Windows :)
E para responder à sua pergunta: Sim, qualquer arquivo que você mover para sua unidade externa estará disponível.