Já experimentou este driver:
Quando você configura o sistema com xinerama de dois monitores, tudo funciona bem, exceto na área de notificação, fica louco quando tento aumentar ou diminuir o volume, por exemplo, quando os flashes da bandeja do sistema aparecem nas duas telas.
Eu uso: ATI Radeon HD 5670, com o Ubuntu 11.10 x64 limpo, sem qualquer estranho soft ou tema, apenas o driver ATI configurado em monitor duplo com xinerama.
* Nota: Desculpe, pelo meu mau inglês.