Já tentou executar o seu programa como root?
Em geral, é uma má idéia para o futz com as permissões fora de seu diretório pessoal, caso você não saiba exatamente o que está fazendo. Se houver arquivos em lugares como / bin que somente o root pode executar, provavelmente é por motivos de segurança.
Dito isso, tenha cuidado ao executar seus scripts como root também, pois os erros no código podem levar à quebra do seu sistema operacional (ou seja, não faça sua experimentação com rm
como root).