Acredito que as respostas à sua pergunta são "nenhuma" ... o ubuntu não possui um IDE oficial nem uma linguagem pré-determinada para aplicativos. E isso é realmente esperado: IDE e linguagem preferidos são uma questão do que você quer / precisa fazer e seus gostos pessoais, ao invés do sistema operacional em que você está.
Dito isto, sugiro que você tente começar a desenvolver sem nenhuma IDE ... use um editor de texto de sua escolha e compile por linha de comando. Isso ajudará você a entender exatamente como seu IDE está ajudando você sempre que usar um (suponho que você esteja prestes a começar a programar).
Quanto à linguagem de programação, eu uso o Python para tarefas rápidas, porque é uma linguagem realmente fácil de usar e intuitiva. Para tarefas mais complexas eu uso o C ++. Mas isso é porque eu tenho mais experiência com o C ++ do que com o Python. AFAIK você também pode fazer quase tudo com o Python.
Há também a questão da GUI, e acredito que as principais alternativas nativas são GTK + e Qt (e talvez wxWidgets ). Não tenho muito a dizer-lhe aqui, porque não tenho experiência com GUI no Linux, mas pelo que li, parece uma questão de gosto também.