Eu posso estar errado, mas pelo que entendi você trouxe o programa 'UnetBootin' das janelas, sim?
Assumindo que estou correto, seu erro pode ser simplesmente o de que você não possui o software para usar o Aplicativo do Windows.
A solução rápida é fazer o seguinte:
sudo apt-get update
sudo apt-get install Unetbootin
sudo Unetbootin
Se você está determinado a fazer com que a cópia do Windows funcione, você precisa do Wine
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-wine/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y wine1.7
fonte: Como -To-Install-Wine