Primeiro, repare o seu carregador de inicialização do Windows e depois disso instale o Ubuntu.
Para corrigir janelas, inicialize a partir do windows cd / usb. Vá para Reparar - > reparar usando o prompt de comando e digite os comandos abaixo.
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
Ele irá restaurar a partição do sistema.
Depois disso, você pode tentar particionar a unidade a partir do Windows e depois instalar o Ubuntu na sua partição criada, ou usar o Gparted do Ubuntu live cd / usb; Para mais detalhes, consulte Como usar o particionamento manual durante a instalação?