Isso acontece comigo de tempos em tempos. Eu não sei a causa.
Para fazer os indicadores do painel desaparecerem reaparecerem sem reiniciar você pode reiniciar os indicadores manualmente executando o seguinte comando em um terminal ou com Alt + F2
restart unity-panel-service
Os indicadores do painel irão piscar por um segundo, e então todos os indicadores do painel reiniciarão e reaparecerão imediatamente.
No Ubuntu 15.04 e posterior, reinicie os indicadores do painel manualmente, executando o seguinte comando:
systemctl --user restart unity-panel-service
No Ubuntu 17.10 e posterior, o GNOME substituiu o Unity como o ambiente de desktop padrão. Para fazer com que os indicadores do painel que faltam reapareçam sem reiniciar no Ubuntu 17.10 e depois execute o seguinte comando:
setsid gnome-shell --replace