na verdade O problema é que no Ubuntu temos arquivos de aplicativos e seu arquivo .Desktop. Então, quando você pesquisa o arquivo do aplicativo e o arquivo .Desktop do seu aplicativo (para o qual você não deu nenhum ícone), ambos são listados e nenhum deles tem NoDisplay=true set. Eu acho que o arquivo da área de trabalho para a pasta home deve ter NoDisplay definido como verdadeiro para o seu aplicativo. Se você configurá-lo para false, ele não virá novamente.
e mais uma coisa, o seu problema também é bug em 12.04 mas em 13.04.