Em primeiro lugar, há muitos aspectos diferentes de segurança e proteção. Em alguns deles, o Windows é mais seguro que o Linux, enquanto em outros, menos seguro.
Quanto ao passado, o Windows é conhecido por centenas ou até milhares de bugs de segurança nos últimos 20 anos. No entanto, isso é apenas o passado. A Microsoft desde 2003 tenta melhorar as habilidades de segurança em suas equipes e tornar cada nova edição do Windows cada vez mais segura.
Quanto ao Ubuntu - é um clone do Debian, que geralmente é seguro por padrão. No entanto, existem algumas diferenças importantes entre o Debian e o Ubuntu: o Ubuntu é configurado de uma maneira diferente, para ser mais simples de aprender e usar para usuários comuns, do que o Debian.
Isso impõe algumas implicações de segurança:
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O Ubuntu possui pacotes mais novos e menos testados, com possíveis novos bugs ainda não descobertos (enquanto o Debian tem pelo menos 1 ano de idade, pacotes "congelados", com apenas segurança e outros bugs principais corrigidos)
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O Ubuntu possui repositórios de modo de usuário PPA - é mais fácil instalar acidentalmente softwares maliciosos através de PPA do que através de repositórios tradicionais da Debian
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O Ubuntu possui um processo de manutenção de pacotes menos rigoroso - procure por problemas de mantenedor do ownCloud ou problemas do Sun Java
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O Ubuntu Desktop instala vários softwares relacionados à visualização de filmes personalizados, que não são cobertos pela equipe de segurança; além disso, versões localizadas (pelo menos na versão polonesa) instalam ainda mais esse software
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A configuração do Ubuntu sudo permite que possíveis softwares maliciosos capturem apenas a senha do usuário para obter privilégios de root (sem senha de root separada, como nos sistemas Linux clássicos)
Se você está procurando uma alternativa mais segura para o Ubuntu, você deve tentar usar o Debian.