Eu não acho que seja importante a arquitetura que você tem no Windows 64 ou 32 bits. Tudo isso significa que o 64 bit usará mais núcleos do processador, o que significa que a computação mais rápida de 32 bits será mais lenta.
Aparentemente, outros estão simplesmente tendo problemas com a instalação do skype de 64 bits.
A instalação do Skype em 12,10 64 bits causa erros
Espero que isso ajude, mas boa sorte. Isso é tudo que eu poderia realmente encontrar sobre o problema do Skype, eu acho que é um problema com o Skype não Ubuntu. Eu não perderia tempo reinstalando o seu sistema. Felicidades!