Isso pode ser um bug no software. Você já tentou usar um aplicativo diferente? Eu uso o Handbrake e só tive boas experiências até agora. (Eles ainda não têm um dev para 12.04, mas a versão 11.10 funciona perfeitamente em 12.04.)
Se o seu DVD estiver protegido contra cópia, o Handbrake provavelmente também falhará. Para ainda fazer uma cópia do seu DVD, você pode tentar um pouco mais complicado isso método.