O que acontece quando você exclui uma pasta que está sincronizada com o Ubuntu One é diferente do que acontece quando você formata seu disco rígido.
Se você excluir uma pasta de um arquivo, quando o Ubuntu One sincronizar, ele anotará o que você fez e faz a mesma coisa no servidor. Então, quando você faz login em outro dispositivo que está em sincronia com o Ubuntu One, as mesmas informações são passadas para esse dispositivo e a pasta também é excluída.
No entanto, quando você formata uma partição contendo a instalação do Ubuntu One e seus dados sincronizados de um LiveCD ou USB, o software cliente do Ubuntu One é apagado e não pode ser executado. Assim, o servidor não sabe o que aconteceu com sua pasta e não a excluirá até que você reinstale o Ubuntu e o Ubuntu One e faça o login na sua conta do Ubuntu One. Nesse ponto, o servidor pode tratar seu computador recém-formatado como um novo computador e o Ubuntu One fará o download de todas as pastas e arquivos sincronizados.