Um LED HDD piscando não é uma indicação de que seu computador está infectado.
Eu suspeito que algum processo em segundo plano está fazendo algum trabalho. Algumas ótimas informações sobre como descobrir qual delas está disponível aqui:
Para resumir, você pode usar iotop
para monitorar quais processos estão acessando o disco - ele não separará seu HDD e seu SDD, mas se o seu sistema estiver completamente ocioso, ainda assim poderá ajudar.