Você ainda tem esse problema?
Ocorreu recentemente um problema com os servidores de atualização para que ele parasse, eu tive o mesmo problema que o seu e vi outros relatórios. Como a atualização foi iniciada, o arquivo está bloqueado, portanto, você não pode iniciá-lo uma segunda vez a partir do terminal antes de o primeiro liberar o bloqueio. Essa é uma medida de segurança.
O problema do servidor parece estar resolvido agora, pelo que as atualizações provavelmente continuarão sendo instaladas.
Problemas de servidor como esse nunca aconteceram comigo nos três anos que usei o Ubuntu, então isso é para o aviso algo muito incomum.
Se você ainda tem esse problema, é provável que você tenha abortado uma atualização em andamento, algo que você nunca deve fazer no Linux (ou no Windows, onde você pode facilmente quebrar seu sistema). No Linux, há muitas coisas que você pode fazer para consertar o sistema, se ainda o fizer.
Por favor, verifique o link para karel e as outras 2 respostas para o link!
Mantenha-nos atualizados:)