Durante a atualização do sistema, as fontes de software de terceiros são desativadas para evitar conflitos com a instalação do sistema operacional principal. Você terá que reativar as fontes para baixar o software novamente. Isso pode ser feito a partir de " fontes de software "
Algumas aplicações podem ser reinstaladas através do Ubuntu Software Center, mas acredito que as que você listou são todas de aplicativos de terceiros. Então você terá que reativar as fontes e instalar a partir daí, ou reinstalá-las a partir dos sites dos desenvolvedores.