O arquivo de download é de fato 1,5 gigabytes. "64 bits" refere-se ao tipo de processador do computador em que é executado e não está relacionado ao tamanho do download. A menos que seu cartão CF tenha décadas, acho que ele tem 16 gigabytes, não 16 megabytes, e deve ter capacidade suficiente para manter a instalação do Ubuntu.
Por favor, deixe-me saber se isso ajuda, ou se você tiver outras dúvidas ou esclarecimentos necessários.