Você pode removê-los da mesma maneira que os instalou.
Por exemplo, se você quiser remover a ferramenta chamada "foo" da linha de comando:
sudo apt-get remove foo
ou, alternativamente, você pode usar o ubuntu software center ou synaptic (ferramentas baseadas em gui) tudo que você precisa fazer é rolar entre a ferramenta até encontrar aquela que você está procurando (ou você pode usar a pesquisa também), clique e remova.
Nautilus é explorador de arquivos, não tenho certeza de como isso o bloquearia em sua navegação na Internet. Eu posso dizer o mesmo para o clam, nunca ouvi dizer que ele bloqueia a conexão com a internet, a menos que você não tenha especificamente colocado as regras no arquivo de configuração.
Se você não tem conhecimento suficiente sobre determinadas ferramentas, é melhor não instalá-las.
Aqui, um guia passo a passo sobre como remover ferramentas:
http://www.howtogeek.com/197919/how-to-easily-add-and-remove-programs-in-ubuntu-14.04/