Zander, novas versões geralmente vêm com bugs, então para evitar problemas enormes com pacotes, as versões estáveis, não as mais novas, aparecem no softwarecenter. Eu acho que está tudo bem.
A propósito, eu tenho o Minetest Version 0.4.4 nos repositórios, não 0.3.1!
Eu olhei na página inicial do projeto, e há arquivos .deb para download em 0.4.7.
Desinstale o pacote Minetest desatualizado. Em seguida, instale o programa Gdebi no Softwarecenter.
Download
para amd64: minetestc55_0.4.7-0ppa1 ~ raring1_amd64.deb
ou para 32 bits: minetestc55_0.4.7-0ppa1 ~ raring1_i386.deb
Chegue na sua pasta de download e clique com o botão direito do mouse no pacote Minetest baixado - Abrir com ... - Instalador Gdebi - Ok. O pacote deve instalar. Quando é feito, feche o Gdebi e pesquise no Dash for Minetest.