cd /media/flashdriveid/
onde flashdriveid é o seu ponto de montagem
mkdir /home/$USER/.hiddendirectory
cp -R * /home/$USER/.hiddendirectory
e todo o flashdrive será copiado (cp -R é recursivo, incluindo subdiretórios) para um novo diretório chamado ".hiddendirectory" e está oculto da visualização normal devido ao "." na frente dele. Se você tem um diretório oculto, pule o comando "mkdir" e mude o comando "cp" para o local que deseja usar.
Se você quiser mover os arquivos do flashdrive, você pode trocar "cp" por "mv".