Java é multi-plataforma para que você possa executar o mesmo código do Windows no Ubuntu. A diferença é que, se você tiver um caminho de arquivo especificado no código, poderá alterá-lo. Além disso, se você gravar em um arquivo, lembre-se de que os arquivos de texto no Windows terminam em \ n \ r, enquanto em qualquer * nix é apenas \ n. Se você tiver alguns pacotes específicos do Windows que deseja importar, isso pode ser um problema. Caso contrário, você está 99,9% seguro