Você de alguma forma quebrou seu tema de ícones. Você precisará reinstalar os ícones.
Digite um terminal:
sudo apt-get remove --purge ubuntu-mono gnome-icon-theme hicolor-icon-theme humanity-icon-theme
sudo apt-get autoremove
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get install ubuntu-mono gnome-icon-theme hicolor-icon-theme humanity-icon-theme
sudo apt-get upgrade && sudo apt-get dist-upgrade
Em seguida, aplique outro tema e restaure o tema por padrão:
gsettings set org.gnome.desktop.interface icon-theme "default" && gsettings set org.gnome.desktop.interface icon-theme "ubuntu-mono-dark"