Uma solução poderia ser fazer uma cópia de trabalho do seu repositório em, por exemplo, / tmp. Comandos como este devem funcionar:
$ cd /tmp
$ svn co file:///home/svn/baseproject
$ cp -r /var/www/baseproject/ /tmp/baseproject/
$ cd /tmp/baseproject
$ svn status
$ [svn add] # maybe
$ svn commit
Você também deve dar uma olhada na documentação do subversion para obter detalhes
P.S. É claro que isso só funciona, se /home/svn/baseproject for seu repositório, não sua cópia de trabalho.