Como eu acho que seus arquivos "CI" são os arquivos do CodeIgniter e este é um framework php - então você tem que armazenar esses arquivos no seu webdir - o diretório "www" do apache. Eu pensei que isso é / var / www, mas se você me disser que é / opt / lamp / htdocs / xampp / www, quando esta é a raiz do documento do seu apache ... (eu uso apenas nginx). Claro que você pode percorrer o seu diretório web onde quiser, sua configuração simples do apache.