Você não pode fazer o que acha que poderia fazer e não tem nada a ver com o Windows ou o Linux se você planeja fazer o boot duplo. Algo tem que controlar o RAID1 no seu caso antes de qualquer inicialização do sistema operacional (Win ou Linux). O único caso em que funcionaria como descrito, você precisaria ter um controlador inteligente em que o RAID fosse manipulado pelo controlador de disco e não por um sistema operacional.