Meu problema ocorreu devido a um bug na versão do GParted incluída no Ubuntu 14.04, que eu tenho usado para editar minhas partições. Basicamente, ele caiu quando tentei redimensionar uma partição FAT32. Para resolver isso, eu refiz meu USB secundário ao vivo com o Ubuntu 12.04 para usar uma versão não quebrada do GParted.
(porque eu corri para problemas não relacionados depois, acabei seguindo as instruções , com alguns ajustes.)