Argumentos de linha de comando para scripts bash são armazenados nas variáveis especiais $1 para o primeiro argumento separado por espaço, $2 para o segundo e assim por diante.
Veja também o Guia de Scripts Avançados do TLDP - 4.4. Tipos de variáveis especiais (seção Positional parameters ) ou man bash (seção Parameters ).
Você deve se lembrar de sempre colocar suas variáveis entre aspas duplas (como "$1" ), para evitar que elas sejam divididas se contiverem espaços.
Aqui está um exemplo:
#!/bin/bash
echo "The first file, $1, starts with these lines:"
head "$1"
echo "The second file, $2, ends with these lines:"
tail "$2"
Para obter todas as linhas exclusivas dos dois arquivos juntas, dê uma olhada no comando sort (type man sort ) , especialmente sua opção -u ...