Atualizações geralmente são uma grande bagunça.
Tente pressionar atualizar, ele deve apenas atualizar todos os seus pacotes atuais para as versões 13.04 (incluindo o GNOME), ele não deve instalar o Unity, a menos que algo dependa dele.
Se isso não funcionar, faça o downgrade para o Ubuntu 12.04.2 LTS (instalação limpa) e adicione o GNOME 3 PPA (não recomendado, mas você terá a experiência mais atualizada do GNOME 3 no Ubuntu LTS).
Se você acha que um PPA é muito arriscado, use o comando sudo apt-get install gnome-shell
para obter a versão do repositório do GNOME 3.