Você nunca deveria esperar que um sistema operacional fosse capaz de executar programas codificados com uma API de sistema operacional totalmente diferente, de maneira impecável. Não é assim que os computadores funcionam. Se você estiver tendo problemas para acessar o Windows a partir da inicialização do sistema, provavelmente precisará alterar as configurações do BIOS. Da próxima vez, tente ser mais maduro também. Não é culpa do Ubuntu que você não sabia no que estava se metendo.