Então, na verdade, não consegui configurar o fitbit usando libfitbit, tive que usar meu Mac do roomates para fazer a configuração inicial.
Quanto ao "ficar no pau e fazer o upload funcionar", incluí algumas regras do udev nesse pacote (acredito que o autor original as escreveu), e ele deve funcionar apenas quando o fitbit estiver conectado (uma vez que o a configuração inicial foi feita).
Se não funcionar, você só precisa se conectar e executar sudo start libfitbit_client