O mesmo kernel. É a mesma distribuição.
A única diferença entre a mídia do servidor e a mídia da área de trabalho é o instalador e o conjunto de pacotes padrão . Os repositórios e versões de software são idênticos.
De Perguntas frequentes sobre o Ubuntu Server :
Before 12.04, Ubuntu server installs a server-optimized kernel by default. Since 12.04, there is no difference in kernel between Ubuntu Desktop and Ubuntu Server since linux-image-server is merged into linux-image-generic