Crie o arquivo ~/.Xmodmap
com o seguinte conteúdo:
remove Shift = Shift_L
remove Control = Control_L
remove Lock = Caps_Lock
keycode 66 = Shift_L NoSymbol Shift_L
keycode 50 = Control_L NoSymbol Control_L
keycode 37 = Caps_Lock NoSymbol Caps_Lock
add Shift = Shift_L
add Control = Control_L
add Lock = Caps_Lock
Isso deve deixá-lo pronto para o próximo login. Aplique imediatamente executando
$ xmodmap ~/.Xmodmap
Obrigado ao @Andra por esta solução.