Isso funciona para mim (Ubuntu 18.04 + Gnome 3.28.1):
nano ~/.config/gtk-3.0/gtk.css
Para personalizar as cores de plano de fundo da barra de título ativa, use .titlebar e .backdrop (para janelas inativas).
.titlebar {
background: #3089FF;
color:white;
}
.titlebar:backdrop {
background: #777777;
color:white;
}
Depois de salvar o arquivo, lembre-se de atualizar o gnome usando este comando:
setsid gnome-shell --replace