Para scripts e plugins Python, uma solução simples é colocá-los em algum diretório simples (fora do pacote flatpak) e usar Edit>Preferences>Folders>{Scripts|Plugins}
para adicioná-los aos diretórios verificados pelo flatpak Gimp (também é uma boa maneira de compartilhá-los entre o seu Gimp 2.8 e Gimp 2.10).
Binários são uma questão diferente, binários para 2.8 podem não funcionar com 2.10 (e em muitos casos terão que ser pelo menos recompilados para aproveitar as novas profundidades de bit em 2.10), e os novos binários podem ter dependências em bibliotecas que estão disponíveis apenas no ambiente flatpak.
Há também a ocorrência (rara) de um script Python que depende de uma biblioteca python que não faz parte do Python instalado no ambiente flatpak (que não é o mesmo que o seu sistema Python).
Esses problemas estão no centro de muitas questões abertas .