A cor da barra superior e do dock do Ubuntu (sidebar) é ditada pelo tema do shell do GNOME, enquanto eu acho que você mudou apenas o seu tema GTK + (aplicativo) para Adwaita-dark. Você também precisa usar um tema de shell do GNOME adequado.
Eu sugiro que você use Adwaita-slim ou Minwaita theme (versões reduzidas de Adwaita e ambas fornecem temas shell com variantes claras e escuras).
Veja isso para uma orientação sobre como alterar o tema do shell do GNOME: Como posso mudar Tema do Gnome Shell?