As coisas mudaram um pouco no Ubuntu agora. Eu acho que a partir da versão 11 em diante.
O MySQL é manipulado pelo Upstart enquanto o Apache ainda usa scripts tradicionais SysV init
Para o MySQL, você pode usar o novo recurso de substituição em Upstart para modificar o comportamento inicial:
sudo echo "manual" >> /etc/init/mysql.override
Para mais informações, consulte a seção " Desabilitando um trabalho de iniciar automaticamente "no Cookbook Upstart.
Como o Apache ainda usa os tradicionais scripts SysV init , você pode usar
sudo update-rc.d -f apache2 remove
para remover os links de /etc/rcX.d
ou, alternativamente, usar
sudo update-rc.d apache2 disable
que "desativa" o script, alterando-o de um script de início para um script de parada. Isso é reversível por
sudo update-rc.d apache2 enable
A maioria dessas informações eu recebi aqui: link