A saída de free -h
indica que a troca está sendo usada - o processo de troca ainda está em execução.
Digite o comando
sudo swapoff /path/to/swapfile/to/be/deleted
Isso desabilitará o swapfile, e o arquivo pode ser deletado nesse ponto.
Por favor, note que se você criou uma entrada em /etc/fstab
para o swapfile, você também deve deletá-lo (ou comentá-lo adicionando # no começo da linha).