A versão nos repositórios do Ubuntu só receberá correções de erros durante um ciclo de lançamento, não Novas características. Esta versão foi testada com a sua versão do Firefox e é bastante estável.
Se você usar a versão descompactada por meio dos Addons do Mozilla ou elwherewhere , ele receberá todas as novas atualizações pelo mantenedor do addon. Estes podem causar quebra, dependendo do nível de teste que o upstream coloca seu código. No caso de Adblock, eu suspeito que o nível de QA é alto, então essa não é uma preocupação muito urgente, mas uma questão a ser levada em conta.
O Firefox irá se recusar a instalar uma nova versão do addon se a versão não suportar mais a versão do seu navegador, então você não precisa se preocupar com isso.
A principal diferença é que a versão empacotada do Ubuntu é estável em recursos (seu comportamento não muda) assim como é estável em confiabilidade (funcionará consistentemente) durante todo o lançamento, enquanto você não obtém essas garantias de usar A extensão do AdBlock instalada externamente.
Se você estiver instalando para mais de um usuário, por todos os meios, use a versão empacotada. Mas se é só para você, acho que a versão instalada localmente está bem.