Para evitar que rsnapshot atravesse pontos de montagem quando, por exemplo, Fazendo o backup de / , você pode usar one_fs=1 no arquivo rsnapshot.conf .
O one_fs=1 adicionará -x a rsync , o que faz com que rsync permaneça no arquivo que foi passado como fonte e não abranja diferentes sistemas de arquivos.
Uma configuração possível de rsnapshot pode ser a seguinte.
backup / localhost/rootfs one_fs=1