Não causará problemas. O PCManFM e outros gerenciadores de arquivos leves e similares (Thunar etc) não se integram ao sistema operacional. Eles guardam para si mesmos e armazenam suas próprias configurações e arquivos de configuração separados.
O link que você postou fala sobre "gerenciadores de arquivos completos", que acredito estar falando de algo como Nautilus ou Dolphin. Estes são muito maiores gerenciadores de arquivos que fazem muito mais com o sistema operacional.
Eu instalei o Dolphin antes em um sistema que usava o Nautilus. Embora isso não tenha realmente causado problemas, ele causou confusão na instalação de pacotes, porque a instalação do Dolphin em um sistema Gnome também instala muitos pacotes do KDE e do Qt. Esses arquivos podem entrar em conflito com o Gnome e podem causar problemas se ambos tentarem realizar a mesma tarefa, como montar dispositivos inseridos. Também é mais difícil de remover devido à grande quantidade de dependências que vem com ele. Os gerenciadores de arquivos leves, como o PCManFM, têm muito poucas dependências dos desktops.
Os piores conflitos do passado foram a instalação do Gnome e do Unity, o que não é mais um problema. É melhor manter separados os 3 principais desktops e suas dependências, se possível.