Não há absolutamente nenhuma necessidade de instalar o Perl ou qualquer outro pré-requisito da fonte para instalar adições de convidado. Todos eles são instalados por padrão no Ubuntu, porque outros componentes do sistema padrão dependem deles (por exemplo, Perl) ou estão disponíveis nos repositórios oficiais de pacotes (veja a última etapa abaixo).
Se até agora tudo o que você fez com esta máquina virtual foi instalar o Ubuntu, Perl e talvez adições de hóspedes, a solução mais econômica é
- desligue a máquina,
- reinstale o Ubuntu a partir do zero e
- consulte Como instalo adições de convidado em uma VM do VirtualBox? para a instalação das inclusões de convidados.
Rastrear e resolver o problema específico causado pela instalação do Perl provavelmente seria um desperdício de tempo para todos em comparação.